Una de las características diferenciadoras del Zen Shiatsu respecto a otros estilos de Shiatsu es la extensión de los distintos meridianos descritos inicialmente por la medicina tradicional china (MTC). Esta práctica milenaria considera que los meridianos del cuerpo tienen un recorrido particular:
El trabajo que Masunaga realizó a lo largo de su vida y la experiencia directa que obtuvo del Ki es lo que lo empujó a extender la red de meridianos clásicos. Aunque algunos dudan de la autenticidad de estas extensiones, el estudio de los caminos profundos de la acupuntura clásica, las ramas subsidiarias o las conexiones con las Seis Divisiones tiende a avalar su existencia.
Existen diferencias entre las rutas definidas por Masunaga y las tablas de acupuntura clásicas. En algunos casos, son los dibujos de Masunaga las que no reproducen fielmente cada desvío del meridiano entre los puntos. En otros casos, son las tablas de la medicina tradicional china las que parecen incorrectas porque en los gráficos de acupuntura modernos, son los puntos que están ubicados exactamente y no la ruta entre los puntos. El enfoque tradicional japonés para ubicar los meridianos tiende a ser bastante empírico, basado en las sensaciones del practicante y el receptor cuando se penetra un punto. Este fue también el caso en la antigua China y Japón: según la persona los meridianos son diferentes.
Más allá de la MTC
La teoría del Zen Shiatsu se basa en los meridianos en los que la MTC resuena con respecto al Yin y el Yang, las sustancias vitales y las funciones orgánicas que funcionan y se distribuyen. La estructura de la teoría de Masunaga surge de su interés en localizar meridianos en cuerpo, mente y emociones. Su razonamiento es el siguiente: si la red de meridianos es una expresión esencial de nuestra estructura energética, y no solo un arreglo académico arbitrario, debe existir un vínculo entre las funciones energéticas de los meridianos y su ubicación en el cuerpo. Basándose en esta hipótesis, llevó el reloj circadiano chino a su punto de partida. Siguiendo esta secuencia, toda la red de meridianos se puede rastrear de forma continua en todo el cuerpo: el final de un meridiano está cerca del siguiente meridiano en la secuencia.
| Meridiano | Tipo | Horario | Inicio del meridiano | Fin del meridiano |
| Pulmón | Yin | 3 a 5h | Pecho | Mano |
| Intestino grueso | Yang | 5 a 7h | Mano | Cabeza |
| Estómago | Yang | 7 a 9h | Cabeza | Pied |
| Bazo-Páncreas | Yin | 9 a 11h | Pie | Pecho |
| Corazón | Yin | 11 a 13h | Pecho | Mano |
| Intestino delgado | Yang | 13 a 15h | Mano | Cabeza |
| Vejiga | Yang | 15 a 17h | Cabeza | Pied |
| Riñón | Yin | 17 a 19h | Pie | Pecho |
| Maestro corazón | Yin | 19 a 21h | Pecho | Mano |
| Triple calentador | Yang | 21 a 23h | Mano | Cabeza |
| Vesícula biliar | Yang | 23 a 1h | Cabeza | Pie |
| Hígado | Yin | 1 a 3h | Pie | Pecho |
El recorrido de los meridianos es simétrico en la sucesión del meridiano y su alternancia Yin y Yang. Existe una importancia clínica en el momento de predominio de los meridianos a lo largo del día. Masunaga se centró en la disposición secuencial de meridianos de pulmón a hígado para formar la base de su teoría. Reanudó la secuencia no refiriéndose a un día, sino extendiéndola a una vida, o ciclos de actividad (desde el inicio hasta el final) que ocurren durante toda la vida.
El modelo de la ameba
Para explicar su teoría de la manera más simple posible eligió como modelo el ciclo de vida de un ser vivo primario, la ameba, el ser vivo unicelular. Esta teoría puede parecerle a algunos un ejemplo poco acertado, pero después de reflexionar, responde a la pregunta fundamental de cualquier practicante de Shiatsu: ¿qué son los meridianos y por qué están donde están? Zen Shiatsu proporciona la siguiente respuesta:
Los meridianos son una expresión de nuestra energía y el lugar donde se encuentran es una expresión de lo que hacen